エキスパートモードを利用している場合は、
JS Encoder エキスパートモード：「既知の問題と対処法」を必ず読んでいただいるかと思いますが、もう一度お読みください。エキスパートモードの場合、場合によってはソースの書き換えが必要です。また、エキスパートモードの場合、難読化後のソースがまず表示されると思いますが、その時点で（暗号化する前の段階で）どうなのかテストしてみてください。難読化の段階で問題が発生している場合は、「既知の問題と対処法」をご参照の上、ソースコードを書き換えていただき、それでも駄目な場合は、スタンダードモードをお試しください。
スタンダードモードにしても解決しない場合や、エキスパートモードでどうしても暗号化したいという場合は、
サポートにお問い合わせください。お問い合わせ時には、できるだけ現象を再現できる簡略化されたソースを添付するか設置URLをお知らせいただくようにしてください。
VBScriptの暗号化は、エキスパートモードではなくスタンダードモードを御利用ください。JavaScriptの場合だけ、スタンダードモード・エキスパートモードの両方が使えます。